Należy to zrobić przy pierwszym logowaniu tą metodą, czyli przez:

1. Kliknięcie ikony KSeF na belce tytułowej głównego okna lub w menu KSeF -> Konsola KSeF.

2. Wybór metody logowania: zaznaczenie Certyfikat KSeF.

3. Kliknięcie "Zaloguj"

Następnie, w oknie "Certyfikaty KSEF zainstalowane w systemie", klikamy przycisk "importuj certyfikat". Odnajdujemy plik certyfikatu (rozszerzenie crt), zaznaczamy go i klikamy "Wybierz". Następnie klikamy "Tak", zaznaczamy plik klucza prywatnego (rozszerzenie key)  i klikamy "Wybierz". Teraz wpisujemy hasło do klucza prywatnego, które było ustalone w momencie generowania certyfikatu i klikamy "OK."  Potem zobaczymy okienko systemowe, w którym możemy zdefiniować nowe hasło do certyfikatu, które będzie używane podczas logowania. Możemy też wyłączyć to hasło, usuwając zaznaczenie z pola „wymagaj hasła”. Klikamy na "OK." W ten sposób certyfikat zostanie zaimportowany i dostępny do uwierzytelniania.

Uwierzytelnianie polega na zaznaczeniu zaimportowanego certyfikatu i kliknięciu na przycisk "Użyj wybranego certyfikatu."